La recherche pré-analytique

Des analyses poussées qui permettent l’étude simultanée de milliers de gènes ou de protéines ont fait progresser considérablement la recherche biomédicale lors des dernières années.

Elles ont notamment conduit à la découverte d’un certain nombre de biomarqueurs, des molécules qui peuvent être utilisées pour personnaliser le diagnostic, le traitement et les soins. Mais les nouvelles technologies engendrent de nouveaux défis. Elles sont d’une telle ampleur que les échantillons provenant de différents patients doivent être collectés, traités et stockés exactement de la même façon. Ne fût-ce que de faibles variations dans la manière dont les échantillons sont traités avant leur analyse peuvent entraîner des modifications dans les échantillons biologiques eux-mêmes. Par exemple, la quantité d’une protéine peut augmenter si un échantillon n’est pas transporté dans de la glace. En fin de compte, ces changements dans l’échantillon peuvent influer grandement sur les résultats de la recherche en aval et même conduire à des résultats erronés. Pour éviter cela et assurer la qualité de l’échantillon, nous sommes l’une des rares biobanques à entreprendre des recherches pré-analytiques sur les échantillons biologiques en interne, réalisant plusieurs projets afin d’étudier l’impact de ces variations pré-analytiques sur les résultats en aval.

Des outils de contrôle de qualité

L’un des objectifs importants de cette recherche est de découvrir et de valider des marqueurs pour le contrôle qualité (QC) d’échantillons biologiques. Ces marqueurs de contrôle qualité sont des molécules (ADN, ARN, protéines, métabolites) qui changent suivant la manière dont les échantillons sont collectés, traités et stockés, ce qui permet aux chercheurs d’évaluer ces variations. Les marqueurs QC sont particulièrement importants pour les biobanques, qui doivent veiller à ce que leurs échantillons soient adéquats pour le type d’analyse spécifique auquel ils sont destinés. En effet, les paramètres qui doivent être contrôlés lors du traitement dépendent fortement du type d’analyse en aval et de la nature de l’échantillon.

Deux de nos projets phares se concentrent sur les meilleures façons de gérer et de traiter les échantillons de sang. Le premier projet analyse en quoi des anticoagulants différents, des températures et des délais affectent l’activité des gènes dans les globules blancs. Les résultats préliminaires ont montré que l’activité de quatre gènes était sensible à ces variations, ce qui fait qu’ils conviennent parfaitement pour le contrôle qualité. En ce qui concerne le second projet, nous avons analysé l’impact de ces variations sur les métabolites dans le plasma sanguin. Ce projet de recherche a démontré que, pour ce type d’analyse, le sang doit traité dans les 3 heures après être collecté dans des tubes avec de l’EDTA comme anticoagulant pour éviter tout effet susceptible d’altérer les résultats finaux. Nous avons identifié des cytokines – de petites protéines – comme précieux marqueurs QC pour le plasma et le sérum. L’utilisation de ces cytokines a été validée dans le cadre d’une vaste collaboration avec des membres de l’organisation mondiale ISBER.

Plus fort ensemble

La plupart de nos projets sur la recherche des échantillons biologiques reposent sur des collaborations avec des partenaires nationaux ou internationaux, y compris des hôpitaux, des instituts de recherche, des universités et des entreprises de biotechnologie. Nous avons récemment fait équipe avec une branche du prestigieux Institut National du Cancer (NCI) des États-Unis pour évaluer l’influence de variations pré-analytiques sur la qualité des tissus de cancer différents utilisés pour le diagnostic et la recherche. Dans ce contexte, nous avons mis le doigt sur des marqueurs QC utilisés sur des échantillons de tissus. De plus, IBBL a participé activement et contribué aux Protocoles des Meilleures Pratiques actuellement révisés par le NCI et dont la publication ne devrait pas tarder.

Tous ces projets illustrent l’importance du contrôle minutieux de toutes les étapes par lesquelles un échantillon passe, du patient jusqu’à la biobanque puis au chercheur. En mettant en œuvre les conclusions tirées de la recherche sur les échantillons biologiques dans les Procédures Opérationnelles Normalisées (PON), nous pouvons certifier la haute qualité de tous les échantillons et leur adéquation pour la recherche en question.